黃金博物館的主要館舍規劃包含有： 
介紹與展示礦業文化及黃金物理特性的「黃金館」； 
讓民眾能夠深入礦坑坑道體驗採礦情景的「本山五坑坑道體驗」； 
展示金瓜石地區生態環境與地質礦體特色的「環境館」； 
「太子賓館」則開放周邊庭園參觀，讓民眾欣賞優雅的日式傳統建築之美；此外，地質公園、金瓜石神社、茶壺山、戰俘營、黃金瀑布等人文生態地質景觀，亦是園區週邊不容錯過的重要景點。在黃金博物館園區裡，不只有博物館，還有坑道體驗、神社遺址、四連棟日式宿舍、太子賓館、派出所、郵局，是國內第一座以生態博物館為理念的園區。在黃金博物館，展示了九份、金瓜石一帶的採礦歷史和相關礦業文物及各種黃金相關的知識，也能親自觸摸重達220公斤的999金磚。 
而保存良好的「太子賓館」，為日治時期日本田中礦業株式會社為招待當時日本的皇太子（後來為裕仁天皇）預定視察金瓜石礦業，於1922年所興建的臨時行館。雖然後來沒等到貴賓，但形制、建築格局乃至於庭園中的一草一木，都經過精心設計，為台灣現存首屈一指的日式木造建築及庭園造景。而本山五坑，是現今仍保存完整的礦坑之一，紅磚砌成的坑道口已開放供遊客進入觀賞，過去採金用的壓風機、礦車頭、盥洗間、運礦索道等依舊擺放坑內與坑口處，讓遊客能夠親身體驗實際的礦坑坑道。